В конце апреля 2004 г. от имени руководителей фракции "Единая Россия" в Государственную Думу был внесен законопроект, предлагающий ряд поправок к Закону "О Счетной палате", которые "должны фактически вывести эту структуру из-под контроля парламента и передать её в ведение исполнительной власти".

Согласно предложенным поправкам право формировать Счетную палату передается из ведения Федерального собрания в ведение президента РФ. Все аудиторы и их начальники должны назначаться строго "по представлению" главы государства, как это сейчас происходит с Генеральным прокурором, главой Центробанка и другими высшими чиновниками, назначение которых отнесено Конституцией к ведению президента. Парламенту оставляется лишь право предлагать Кремлю их кандидатуры. Освобождение председателя Счетной палаты и его заместителя от занимаемой должности также относится к ведению главы государства.

Остальных же аудиторов, согласно предложенным поправкам, будет увольнять сам председатель Счетной палаты, причем список причин, по которым аудитор может быть уволен, из закрытого предлагается сделать открытым.

Принятие внесенных предложений будет означать дальнейшее расширение полномочий президента ценой полномочий парламента.