12 ноября 2013 года был опубликован доклад комиссара Совета Европы по правам человека Нилса Муйжниекса об отправлении правосудия и защите прав человека в рамках судебной системы в России по итогам его визита в Россию в апреле 2013 года.

Среди прочего, комиссар обратил внимание на практику запретов религиозной литературы "за экстремизм", основанных на некомпетентных экспертных заключениях.

"…Еще один вопрос, который возникает при обсуждении ситуации в судебной системе РФ, касается качества экспертных заключений, которые запрашиваются и/или допускаются судами в качестве доказательств, особенно при рассмотрении дел, связанных с распространением "экстремистских материалов". Согласно ст. 13 Федерального закона "О противодействии экстремистской деятельности" информационные материалы признаются экстремистскими федеральным судом по месту их обнаружения, распространения или нахождения организации, осуществившей производство таких материалов, на основании представления прокурора или при производстве по соответствующему делу об административном правонарушении, гражданскому или уголовному делу. Соответствующее постановление суда затем направляется в адрес Министерства юстиции РФ, которое включает ссылку на данные материалы в Федеральный список экстремистских материалов, подлежащий опубликованию в СМИ.

Большинство подобных дел рассматриваются судами в рамках особого (упрощенного) порядка судебного разбирательства, предусмотренного ГПК РФ, в соответствии с которым в слушаниях принимает участие только прокурор. Это означает, что решение по  делу принимается вне рамок состязательного процесса, так как граждане и организации, которых может коснуться вердикт суда, лишены возможности принять непосредственное участие в разбирательстве. Более того, полная версия судебного решения нередко не подлежит опубликованию, а само слушание может носить закрытый характер.  

И российские эксперты в области права, и Уполномоченный по правам человека в РФ В.П.Лукин неоднократно подчеркивали, что дела о запрете литературы должны рассматриваться в рамках обычного судебного разбирательства и что использование упрощенного порядка является следствием неверного толкования соответствующих положений законодательства.

Закон не содержит каких-либо критериев или иных указаний относительно того, каким образом документы должны признаваться экстремистскими; на практике, решения суда основываются на предварительном заключении эксперта, проводившего оценку рассматриваемых материалов: таким образом, это полностью отдается на усмотрение приглашенного эксперта. В этом случае качество экспертного заключения становится решающим фактором при рассмотрении дела судом.

Отсутствие четких критериев от бора экспертов в ряде случаев приводило к возникновению ситуации, когда в качестве экспертов для подготовки заключений или участия в разбирательстве приглашались люди, не обладающие необходимым уровнем профессиональной квалификации. Так, например, известны случаи, когда представители "традиционных конфессий" приглашались в качестве экспертов для дачи показаний по делам, касающимся религиозной литературы, которая используется представителями "нетрадиционных конфессий".

Одной из тех немногочисленных религиозных общин, которые наиболее пострадали в результате мер, принимаемых в рамках данного закона, стали Свидетели Иеговы. Начиная с сентября 2009 года, суды внесли в Федеральный список экстремистских материалов 68 публикаций Свидетелей Иеговы. Эти постановления в дальнейшем послужили основанием для проведения правоохранительными органами обысков в домах отдельных членов общины и молельных домах, а также для начала уголовного преследования и судебного разбирательства в отношении членов общины по обвинению в хранении "экстремистской литературы".