7 марта 2018 года Нагатинский районный суд Москвы признал Марка Гальперина виновным по ч. 2 ст. 280 УК (призывы к экстремизму в интернете) и приговорил его к лишению свободы на два года условно с испытательным сроком в три года и лишением права быть организатором или участником общественных объединений. 2 июля 2018 года Московский городской суд утвердил этот приговор. 4 декабря 2019 года Реутовский городской суд по требованию уголовно-исполнительной инспекции изменил наказание оппозиционеру и приговорил его к полутора годам колонии-поселения. 10 февраля 2020 года это решение было утверждено Московским областным судом.
По данным СМИ, поводом для изменения приговора стали задержания и аресты Гальперина после московских акций протеста. 24 июля 2019 года он был задержан и арестован на 30 суток по ст. 20.2 КоАП (нарушение порядка проведения публичного мероприятия). 3 августа он был вновь арестован на 30 суток по ч. 8 ст. 20.2 КоАП (повторное нарушение порядка проведения публичного мероприятия).
Уголовное дело в отношении Гальперина было возбуждено в 2016 году, 7 февраля 2017 года у активиста прошел обыск, с июня 2017 года активист находился под домашним арестом. В декабре дело было передано в суд.
Согласно материалам дела, Гальперин в августе и сентябре 2016 года записал на Красной площади видеоролики с названиями "Мы приобретаем боевую готовность на улицах" и "Мой ответ РЭН ТВ - Майдану быть". Затем с помощью журналистки Ольги Сапроновой он разместил эти записи на YouTube-канале "Градус.ТВ". В настоящее время эти записи с канала удалены. На первом заседании по делу адвокат ходатайствовал о прекращении дела на том основании, что Гальперин не размещал видеоролики сам; ходатайство было отклонено.
В видео "Мы приобретаем боевую готовность на улицах" оппозиционер утверждал, что выборы ничего не решают, а "перемены в стране произойдут только на улице", поэтому активистам надо тренироваться в уличных стычках с членами движений SERB и НОД и готовиться к аналогичным стычкам с ОМОНом и Нацгвардией. В обращении "Мой ответ РЭН ТВ - Майдану быть" Гальперин прямо заявлял, что готовит "демократическую революцию" и обозначал ее также как "российский Майдан", "повторение 91-го года" и "переворот". Он повторял, что "будет серьезная стычка с ОМОНом, с Нацгвардией", но пояснял, что она будет "менее кровавой", если на улицы выйдет большое число протестующих, а если выйдет "миллион решительно настроенных, тогда они просто побегут".
До сих пор нам не было известно, о каких именно видеороликах идет речь в деле Гальперина, и мы были склонны считать его преследование неправомерным. Ознакомившись с видеозаписями, мы можем сказать, что в высказываниях политика действительно можно усмотреть состав ст. 280 УК. Фактически он публично призывал к государственному перевороту, хотя форму этого переворота он не прояснял; по другим его роликам можно предположить, что он имел в виду, что нынешние правители отдадут власть под давлением массовых митингов, однако в инкриминируемых видеозаписях это не проговорено. Слова Гальперина о стычках можно понять как призыв к насильственным акциям против сотрудников сил правопорядка; если же он имел в виду исключительно оборону от неправомерного применения силы со стороны ОМОНа к протестующим, то ему, как публичному политику, следовало бы выразиться яснее. При этом, хотя собственная аудитория "Градус.ТВ" и Гальперина относительно невелика, ролики распространялись и многочисленными сторонниками его союзника Вячеслава Мальцева, часть которых ориентирована на насилие.
Марк Гальперин - один из лидеров образовавшегося в 2016 году движения "Новая оппозиция", в которое вошли представители различных идеологических течений, в том числе националисты.
25 марта 2021 года Марк Гальперин вышел на свободу.
