27 декабря 2005 г. управлением по расследованию особо важных дел прокуратуры Санкт-Петербурга окончено расследование уголовного дела по факту осквернения мест захоронения на территории Еврейского Преображенского кладбища. Дело направлено в Невский федеральный суд.

Дело было возбуждено 30 декабря 2004 г. прокуратурой Невского района. К уголовной ответственности привлечен несовершеннолетний. Ему предъявлено обвинение по п.п."а","б" ч.2 ст.244 УК РФ ("надругательство над местами захоронения умерших, повреждение и осквернение мест захоронения, надмогильных сооружений и кладбищенских зданий, предназначенных для церемоний в связи с погребением умерших и их поминовением, совершенное группой лиц по предварительному сговору, по мотиву, национальной ненависти и вражды").

В ходе следствия установлено, что подозреваемый и семь его знакомых осквернили могилы на кладбище. По данным прокуратуры, преступление было совершено на почве национальной ненависти и вражды. В настоящее время проводятся оперативные мероприятия, направленные на установление всех участников преступления.