По факту взрыва самодельной бомбы в храме святых Кирилла и Мефодия при Владимирском государственном университете первоначально милицией было возбуждено уголовное дело по п. "б" ч. 1 ст. 213 УК РФ (хулиганство, совершенное с применением предметов, используемых в качестве оружия, по мотивам религиозной ненависти или вражды). Местное управление СК нашло в составе преступления признаки ст.282 УК РФ (возбуждение национальной и религиозной ненависти).

8 декабря 2009 года стало известно, что оба дела были объединены в одно производство. Расследованием занимается Октябрьский межрайонный следственный отдела Следственного управления СКП РФ по Владимирской области.

Расследование находится под контролем прокурора Владимирской области.

11 декабря 2009 года был задержан подозреваемый в нападении, 14 декабря 2009 года он был арестован. Расследование дела было завершено в апреле 2010 г. 6 апреля 2010 года дело было направлено в суд.