13 марта 2012 года «Интерфакс» сообщил о том, что Марат Муртазин обратился в Мещанский районный суд Москвы с иском против Духовного управления мусульман европейской части России (ДУМЕР).

Поводом для обращения в суд послужила статья, опубликованная на сайте ДУМЕР 1 марта 2012 года, в которой говорится, что «ректор Московского исламского университета Марат Муртазин отстранен от должности в связи с утратой доверия и назначением независимого аудита финансово-хозяйственной деятельности вуза».

В заявлении М. Муразина сказано, что опубликованные на сайте сведения «являются недостоверными и порочат его честь, достоинство и деловую репутацию». Он требует взыскать с ответчика компенсацию причиненного морального вреда в размере 1 млн рублей.

2 марта 2012 года на сайте Исламского университета (МИУ) появилось опровержение информации об отстранении ректора. «Марат Муртазин был избран ректором Московского исламского университета делегатами Конференции в апреле 2011 года сроком на 5 лет и продолжает работать на своей должности в соответствии с Уставом и законодательством РФ» - сказано в тексте опровержения.

20 марта 2012 года Равиль Гайнутдин, председатель ДУМЕР, подписал приказ о прекращении трудового договора с ректором МИУ Маратом Муртазиным.