13 марта 2012 года «Интерфакс» сообщил о том, что Марат Муртазин обратился в Мещанский районный суд Москвы с иском против Духовного управления мусульман европейской части России (ДУМЕР). Поводом для обращения в суд послужила статья, опубликованная на сайте ДУМЕР 1 марта 2012 года, в которой говорится, что «ректор Московского исламского университета Марат Муртазин отстранен от должности в связи с утратой доверия и назначением независимого аудита финансово-хозяйственной деятельности вуза». 20 марта 2012 года Равиль Гайнутдин, председатель ДУМЕР, подписал приказ о прекращении трудового договора с ректором МИУ Маратом Муртазиным.