31 января 2007 г. председатель Совета муфтиев России Равиль Гайнутдин дал интервью сайту "Ислам в Нижнем Новгороде", в котором, в частности подверг критике деятельность Межрелигиозного совета страны за поддержку "одной конфессии".

Межрелигиозный совет России, по словам Р. Гайнутдина, был создан по инициативе Совета муфтиев России, однако сегодня он "выступает как бы органом, который проводит линию ОВЦС", в то время как другие его учредители "выступают в качестве поддержки инициатив Русской православной церкви, а так не должно быть".

"У нас должны быть общие интересы, должны обсуждаться те вопросы, которые волнуют нас всех, и должна вырабатываться единая точка зрения религиозных организаций России, различных конфессий", - отметил муфтий.

Р. Гайнутдин также прокомментировал ситуацию с преподаванием "Основ православной культуры" в отдельных регионах России. Он отметил неизбежность "межрелигиозного конфликта", "если школа будет проводить религиозный предмет только с точки зрения превосходства одной религии и культуры".

Кроме того, муфтий в очередной раз выступил против введения института военных священников. "...солдаты, военнослужащие духовно нуждаются сегодня в удовлетворении своих религиозных потребностей, и имамы, православные, иудейские, другие священники могут духовно окормлять наших военнослужащих, но не как офицеры..." - сказал он.