1 июня 2009 года министерство образования и науки опубликовало на своем сайте проекты нового школьного стандарта. В РПЦ отметили, что в опубликованные проекты не вошла образовательная область "Духовно-нравственная культура", включающая учебный предмет по православной культуре, "как это было предусмотрено рядом прежних договоренностей".

Патриарх Московский и всея Руси Кирилл направил письмо министру образования и науки Андрею Фурсенко с напоминанием о необходимости соблюдения соглашений государства и Русской церкви относительно условий преподавания "Основ православной культуры" в новом школьном стандарте, который должен вступить в действие в начальной школе с 2009 учебного года.

В письме патриарх Кирилл обращается к министру с просьбой "включить учебные предметы по изучению основ православной культуры, других традиционных религиозных культур, светской морали и этики в обязательную часть Базисного учебного плана стандарта общего образования второго поколения, либо предусмотреть иной механизм для их изучения в часы, отведенные в пределах допустимой аудиторной учебной нагрузки". Кроме того, патриарх просит А. Фурсенко ввести официальных представителей Русской православной церкви в рабочую группу по разработке федеральных государственных образовательных стандартов и во все структуры, связанные с их принятием и утверждением.