5 февраля заместитель председателя Комитета Госдумы по делам общественных объединений и религиозных организаций Александр Чуев предложил направить официальное обращение депутатов к Генеральному прокурору РФ Владимиру Устинову о привлечении к уголовной ответственности организаторов выставки "Осторожно, религия!", поскольку выставка "унизила религиозные чувства верующих и способствовала разжиганию религиозной вражды". Большинство депутатов предложение не поддержали.
Однако уже 12 февраля Депутаты Госдумы обратились в Генпрокуратуру с просьбой привлечь к уголовной ответственности организаторов выставки "Осторожно, религия!". По мнению депутатов, выставка способствовала разжиганию религиозной вражды, поскольку экспонаты, представленные там, были "кощунственными и оскорбительными", "унижающими религиозные чувства православных верующих". За обращение проголосовали 256 депутатов при необходимом минимуме в 226.

3 марта была опубликована статья Отто Лациса, посвященная обращению депутатов Государственной Думы России к Генеральному прокурору России.
По мнению журналиста, это решение парламентариев является ничем иным как одним из признаков нарастания в России религиозного фундаментализма.
Ни один из депутатов, проголосовавших за привлечение организаторов выставки к уголовной ответственности не видел выставки. Кроме того не была (и теперь уже не будет) проведена независимая и авторитетная экспертиза экспонатов. Фактически экспертным заключением для российских парламентариев явилось мнение погромщиков и поддерживающих их православных фундаменталистов.
Автор полностью поддерживает заявление организаторов выставки о том, что у них не было намерения разжигать религиозную рознь, приводя в качестве аргумента тот факт, что один из экспонатов вообще был разрешен церковью ("разрешение было дано даже на бланке с печатью и подписано ни кем иным, как тем же протоиереем Чаплиным").
"Религиозный фундаментализм в России я это не просто случай активизации каких-то мусульманских радикалов, но тот факт, что государство до сих пор с неохотой отмечает проблему православного фундаментализма и даже пытается использовать его как политический ресурс, весьма настораживает. Здесь находится источник реальных проблем", - заключает свою статью О.Лацис.

26 марта было обнародовано письмо Генеральному прокурору России, подписанное депутатами Государственной думы Сергеем Ковалевым, Сергеем Юшенковым, Андреем Вульфом, Александром Баранниковым и Владимиром Семеновым. В нем содержится призыв принять во внимание "популистский и, по сути, неправовой характер" обращения, принятого Государственной думой 12 февраля, "защитить свободу художественного творчества, свободу распространения информации и идей, права личности от агрессивного клерикализма".

Опровергая утверждения ряда православных активистов по поводу того, что выставка якобы оскорбила их религиозные чувства, депутаты напоминают, что "выставку, с момента ее открытия и до погрома, посетило, по свидетельству директора Музея, примерно 20 человек, кроме специально приглашенных на вернисаж. Таким образом, говорить о вызывающем и провокационном характере выставки не приходится. Налицо провокация со стороны православных фундаменталистов, мечтающих о возрождении ведьмовских процессов, сжигания книг и "бульдозерных" выставок".

Авторы письма расценивают все нападки на организаторов выставки как "стремление вывести из-под ответственности устроителей и участников погрома, прекратить их уголовное преследование" и обращают внимание на то, что в России "атеистические, антирелигиозные и антицерковные высказывания также защищены Конституцией России и нормами международного права, как и религиозные. Атеистическая и антирелигиозная пропаганда имеет право на существование и в светском государстве не может быть ограничена".