19 сентября 2012 года фракциями "Единая Россия", КПРФ, ЛДПР и депутатом Е.Мизулиной ("Справедливая Россия") в Государственную Думу РФ был внесен проект заявления "О защите религиозных чувств граждан РФ". Авторы заявления предлагают "дать жесткий отпор деструктивным силам, восхваляющим антирелигиозный экстремизм, вандализм и хулиганство, разжигающим в обществе ненависть к Русской православной церкви и другим религиозным организациям". Сделать это предлагается путем усиления ответственности за оскорбление религиозных чувств граждан, "в том числе за осквернение почитаемых верующими святынь". 25 cентября 2012 года постановление было принято Государственной Думой.
21 сентября 2012 года Совет атеистов Рунета обратился с официальными письмами в Генеральную прокуратуру РФ и Тверской районный суд. Атеисты просят прокурора отозвать иск о признании экстремистским материалом фильм «Невинность мусульман», и настаивают на том, что суд должен отказать в удовлетворении заявления прокуратуры. По мнению авторов заявления, «признание материалов экстремистскими лишь на том основании, что они содержат неустраивающие отдельных верующих идеи и оценки, может полностью лишить атеистов возможности иметь и распространять свои yбеждения».
19 сентября 2012 года мусульмане Нижневартовска присоединились к волне протеста против показа фильма «Невинность мусульман». Под слова проклятий они публично топтали ногами, разрывали и сжигали изображение американского флага.
21 сентября 2012 года стало известно, что митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон обратился к областному правительству с просьбой рассмотреть возможность изменения маршрута новой скоростной трассы М-8. Согласно первоначальному плану она должна была пройти в 200 м от Свято-Алексеевской пустыни, где проживает около 200 детей. Уполномоченный при президенте РФ по правам ребенка Павел Астахов пообещал, что проект строительства трассы будет пересмотрен.
В ночь с 20 на 21 сентября 2012 года православный священник Преображенской церкви села Ижма (Республика Коми) был доставлен в больницу с огнестрельным ранением в голову, которое он получил на территории храма. По одной из версий, священник пытался покончить жизнь самоубийством.