24 марта 2012 года, почти через месяц после инцидента, патриарх Кирилл впервые прокомментировал панк-акцию в храме Христа Спасителя. По окончании литургии в московском храме в честь Положения честной Ризы Господней он назвал выступление Pussy Riot «кощунством» и «глумлением», поскольку оно произошло «перед величайшей святыней Церкви нашей и всего православного мира — перед частицей Ризы Господней».
Патриарх негативно отозвался о тех, кто призывал помиловать участниц группы: «Появляются люди, которые оправдывают это кощунство, минимизируют его, стараются представить как некую забавную шутку. И печально, и от горечи сердце мое разрывается, что среди этих людей есть и те, кто называет себя православными».
Предстоятель РПЦ напомнил, что «прошли времена, когда люди силой решали такие вопросы», но отметил, что акция «не может не уязвлять» каждого верующего человека.
Расценив произошедшее как насмешку дьявола, патриарх напомнил, что идет Великий пост, и призвал православных «усилить молитвы о стране нашей и о народе нашем»: «Ибо нет у нас будущего, если мы начинаем глумиться перед великими святынями и если это глумление кому-то ложится на душу как некая доблесть, как некое выражение политического протеста, как некое уместное действие или как безобидная шутка».26 марта 2012 года участницы группы «Pussy Riot» в своем блоге опубликовали ответ патриарху. Девушки не согласны c тем, как патриарх оценил их акцию. «Горячая и искренняя молитва не может быть глумлением и святотатством, в какой бы форме она ни происходила, - сказали они в ответном письме. - Наша молитва не могла быть глумлением над великими святынями, потому что в защиту святынь нашей земли мы и молились Богородице, мы молились, чтобы Богородица дала смелость и силы нашему народу прогнать царя Ирода и его слуг и, прогнав его, устроить свою жизнь по человеческой совести».
Участницы группы сказали, что намерены «молиться за тех, кто желает Надежде, Марии и Катерине и всем нам многих лет тюрьмы и мучений», но не верят, что «в сегодняшнем мире можно оставаться христианином и требовать тюрьмы и свирепого наказания для тех, чья молитва звучит иначе и возносится в неканоническом месте».