24 марта 2012 года, почти через месяц после инцидента, патриарх Кирилл впервые прокомментировал панк-акцию в храме Христа Спасителя. По окончании литургии в московском храме в честь Положения честной Ризы Господней он назвал выступление Pussy Riot «кощунством» и «глумлением» и негативно отозвался о тех, кто призывал помиловать участниц группы. 26 марта 2012 года участницы группы «Pussy Riot» в своем блоге опубликовали ответ патриарху.
23 марта 2012 года глава юридической службы Московской патриархии инокиня Ксения (Чернега) в эфире радио «Радонеж» заявила, что панк-акцию в храме Христа Спасителя следует расценивать как уголовное преступление.По ее мнению, действия участниц «Pussy Riot» подпадают под две статьи Уголовного кодекса – 213 (хулиганство) и 282 (возбуждение ненависти).