В рамках Общественной палаты созданы две комиссии, где будут решаться религиозные проблемы - комиссия по духовному наследию и комиссия по толерантности и свободе совести. Комиссию по духовному наследию возглавил управляющий делами Московской патриархии митрополит Калужский и Боровский Климент (Капалин). Комиссию по толерантности и свободе совести возглавил директор Института этнологии и антропологии РАН Валерий Тишков.

Известно также, что в состав комиссии по гражданскому обществу вошел лидер Российского объединённого союза христиан веры евангельской (РОСХВЕ) епископ Сергей Ряховский, а в комиссию по вопросам развития благотворительности, милосердия и волонтерства - епископ Саратовский и Вольский Лонгин (Корчагин).