29 апреля 2013 года было опубликовано экспертное заключение Общественной палаты РФ на проект федерального закона «О внесении изменений в Федеральный закон "О свободе совести и о религиозных объединениях" и статью 343 Трудового кодекса Российской Федерации».

Члены Общественной палаты не поддержали принятие законопроекта в предложенной  редакции и полагают, что концепция законопроекта нуждается в существенной доработке. В частности, они напоминают о нормах, позволяющих религиозным организациям избирать руководителей по нормам религии (п. «д» ст. 6 Декларации о ликвидации всех форм нетерпимости и дискриминации на основе религии и убеждений Генеральной Ассамблеи ООН), о праве создавать религиозные организации и осуществлять их деятельность «в соответствии со своей собственной иерархической и институционной структурой, выбирая, назначая и заменяя свой персонал согласно своим собственным установлениям» (п. 5 ст. 4 Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях»), что в целом соответствует светскому характеру российского государства и закрепленным в Конституции принципам невмешательства государства в деятельность религиозных объединений.  

«На основании изложенного установление требований к образованию священнослужителей и религиозного персонала является прерогативой самих религиозных организаций, - сказано в тексте экспертного заключения, -  введение подобных требований законами субъектов Российской Федерации приведет к наделению органов власти субъектов Российской Федерации определенными религиозными функциями и полномочиями и их вмешательству во внутренние установления религиозных организаций, что противоречит нормам российского права о светскости государства».

Члены Общественной палаты, в целом «разделяя позицию авторов законопроекта о необходимости противодействия религиозному экстремизму», подчеркивают, что «принятие мер, направленных на предупреждение и пресечение экстремистских проявлений, не должно нарушать прав и свобод человека и гражданина, закладывать основы сепаратизма в Российской Федерации».

«Предлагаемая законопроектом норма о запрете участия в деятельности религиозного объединения лиц, в отношении которых имеются сведения об их причастности к экстремистской деятельности или терроризму, противоречит нормам действующего законодательства и ст. 28 и ст. 49 конституции РФ», - сказано в тексте.