29 июня 2012 года Кирилл Фролов сообщил в своем блоге о подаче им нескольких заявлений в прокуратуру. Глава ассоциации православных экспертов просит прокуратуру проверить фонд «Здравомыслие» на предмет «противоправных действий по мотивам религиозной ненависти и вражды», проверить законность открытия на Таганской улице Москвы «Церкви саентологии», а также «привлечь к уголовной ответственности лиц, препятствующих строительству по мотивам религиозной ненависти храма в Шестом Новоподмосковном переулке».
25 июня 2012 года в РГГУ состоялось открытое заседание научного совета ВЦИОМ «РПЦ: вызовы, разломы, риски в новой общественно-политической ситуации». Для обсуждения экспертному сообществу были предложены следующие вопросы: «Протесты против церкви – это акции маргиналов или символ нового этапа в отношении общества к религии и церкви?», «В чем причины недовольства современной ролью церкви? Кто является носителями недовольства, что ими движет, каковы их цели?», «Кто сегодня выигрывает и кто проигрывает от стратегического союза власти и церкви?», «Каковы возможности для других христианских конфессий расширить свое влияние в России с учетом неприятия частью общества политической позиции РПЦ?».
28 июня 2012 года глава пресс-службы московского патриархата озвучил журналистам позицию Русской Церкви по поводу обращений к патриарху в защиту или против арестованных участниц панк-группы «Pussy Riot». По его словам, Церковь не намерена «влиять на следственные органы», а «личная оценка случившегося со стороны патриарха будет сразу же после того, как суд примет соответствующее решение».
26 июня 2012 года стало известно, что представители департамента культурного
наследия Москвы обратились в прокуратуру с просьбой провести проверку реставрации
и благоустройства территории бывшей усадьбы Сумароковых на улице Забелина. Здание усадьбы было отдано в
аренду сроком на 15 лет Императорскому православному палестинскому обществу. Заказчиком строительных работ выступил департамент строительства Москвы.
28 июня 2012 года в интернете был начат сбор подписей под обращением к президенту России и генеральному прокурору, инициированный Ассоциацией православных экспертов. Авторы обращений просят Владимира Путина и Юрия Чайку «проверить на предмет содержания элементов экстремизма <...>, а также оскорбления религиозных чувств исповедующих православие граждан России» видеозапись церемонии вручения патриарху Кириллу шутовской премии «Серебряная калоша».
26 июня 2012 года в Москве состоялась международная конференция «Новые вызовы свободы совести в современной России». Участники конференции «поддержали предложения научного сообщества о создании Независимого экспертного совета по религиоведческой экспертизе» и приняли «Итоговый документ», содержащий в том числе оценку российского антиэкстремистского законодательства.
В середине июня ученые-религиоведы, историки, журналисты в рамках круглого стола обсудили проблему современного российского антиклерикализма и его истоков. В дискуссии приняли участие Алексей Муравьев, Марианна Шахнович, Татьяна Чумакова, Виталий Найшуль, Леонид Блехер, Валентин Крапошин, Иван Битов.