Костромское Епархиальное управление направило в адрес дирекции музея-заповедника "Ипатьевский монастырь" письмо с просьбой в течение месяца дать согласие или несогласие на передачу Церкви оставшейся части монастыря. Епархия ссылается на распоряжение президента России от 1993 года, согласно которому монастырь должен быть передан в ведение РПЦ.
По словам и.о директора музея Ольги Рыжовой, ранее речь шла о совместном использовании монастыря, и полная передача его Церкви может лишить Кострому одного из самых интересных памятников культуры и привести к потере музейного фонда. "Властям и нам самим нужно решить, готовы ли мы потерять такой памятник архитектуры и искусства, как Ипатьевский монастырь, - заявила О.Рыжова, - но тогда Кострома превратится в заштатный городок с каким-нибудь мелким краеведческим музеем".

Судьбу монастыря должна будет решить специальная государственная комиссия, прибытие которой в Кострому намечено на 10 ноября. Ранее деятели культуры выражали обеспокоенность в связи с использованием территории монастыря для демонстрации коммунистических реликвий и алкогольной продукции местных предприятий.

Сотрудники музея начали сбор подписей против вывода музея с территории монастыря. За несколько часов им удалось собрать более 500 автографов. Музейщиков поддержали торговцы сувенирами, продающие свой товар у стен монастыря, они написали губернатору области письмо. Продавцы считают, что перевод музея нанесет им финансовый ущерб в связи с сокращением потока туристов.

Музейщики подчеркнули, что они не против передачи Ипатьевского монастыря в ведение Костромской епархии, но печальный опыт переезда у них уже имеется: музей не получил достаточного финансирования при переселении одного отдела, и уникальные коллекции едва удалось сохранить. Если переезд всего музея сохранится при столь же слабом финансировании, горожане и гости Костромы лишатся доступа туда на десятки лет. Власти же пока не приняли никаких решений относительно помощи музею.

В конце ноября на ситуацию обратили внимание депутаты костромской Думы. На очередном заседании они заслушали мнение представителей обеих конфликтующих сторон. Геннадий Щеголев, ректор Костромской духовной семинарии, рассказал о планах Церкви: "В Ипатьевском монастыре было древлехранилище. Мы не хотим возрождения того Ипатия, что был до революции... Это будет резиденция, где Владыка будет принимать министров, Патриарха и, возможно, Президента, вы же все прекрасно понимаете, какие люди приезжают к Владыке".

Депутаты не приняли по итогам заседния никаких решений или рекомендаций. Приглашение представителей епархии и музея-заповедника носило ознакомительный характер.

21 июня 2004 г. глава областной администрации Виктор Шершунов и архиепископ Костромской и Галичский Александр подписали соглашение, в соответствии с которым помещения второго этажа Свечного корпуса передаются в совместное управление епархии и музея. Планируется, что в будущем весь Свечной корпус будет передан Церкви. Гендиректор музея-заповедника О. Рыжова отказалась комментировать подписание документа, сославшись на то, что еще не читала его.

8 сентября в Кострому прибыла специальная комиссия, которая должна вынести вердикт о дальнейшей судьбе Ипатьевского монастыря к 10 сентября.