Весной 2007 г. начался конфликт вокруг Архиерейского дома в Тобольском кремле. Здание, где располагается Музей истории духовной культуры народов Западной Сибири, планировалось передать Тобольской и Тюменской епархии Русской православной церкви. Архиерейский дом - единственное здание на территории Кремля, оставшееся за музеем. Все остальные постройки, ранее состоявшие на балансе Тобольского государственного музея-заповедника (ТГИАМЗ), с начала 1990-х были переданы епархии, и их состояние вызывает у специалистов тревогу.

9 апреля до сотрудников музея был доведен подписанный 30 марта приказ директора ТГИАМЗ Е.М.Акулича о закрытии музея для посещений и демонтаже экспозиции до 28 апреля. 11 апреля сотрудники письменно уведомили директора о невозможности выполнить это распоряжение в требуемый срок и сообщили об опасности перемещения коллекции в неприспособленные помещения.

Вскоре после этого в книге отзывов музея появилась запись: "Вам стоит переехать в другое здание, а то мы взорвем вас!". 13 апреля по данному факту УВД Тобольска и Тобольского района возбудило уголовное дело.

Музейщики выступили с обращением к жителям города. 18 апреля на собрании общественности была принята резолюция, где выражалось беспокойство в связи закрытием Музея духовной культуры народов Западной Сибири и возможностью передачи здания в ведение епархии. Тогда же был создан общественный Комитет спасения Тобольского государственного историко-архитектурного музея-заповедника и начат сбор подписей в защиту памятника культуры.

С этого момента активисты Комитета несколько раз участвовали в акциях протеста с требованием сохранить музей.

В поддержку музея выступил депутат Тобольской городской думы Владимир Филатов. "Мое мнение как депутата, мое мнение как горожанина - музей должен остаться там, где он находится. Это память! Это история! Вопросы Тобольска как туристического центра, вопросы по кремлю, вопросы по музею нужно рассматривать в комплексе",- сказал он.

13 июля после очередной акции протеста Тюменский областной комитет по культуре отменил приказ о закрытии музея и демонтаже экспозиции.