10 декабря 2007 г. секретарь Ярославской епархии направил руководству Угличского государственного историко-архитектурного и художественного музея письмо с требованием освободить здание Спасо-Преображенского собора в месячный срок. 6 января 2008 г. стало известно, что епархия подала на музей в суд. Представители Церкви утверждают, что собор был передан им в безвозмездное пользование еще осенью 2007 года, и ссылаются при этом на договор между Росимуществом и Русской православной церковью от 29 октября 2007 г. Музейную коллекцию икон епархия готова взять "на ответственное хранение".

По словам директора музея Валерия Денисова, никаких официальных уведомлений из Росимущества он не получал. Переезжать музею некуда: помещение, куда можно было бы перевезти экспонаты, город не предоставляет. Кроме того, считает В.Денисов, Росимущество не имело права передавать государственную собственность частному лицу или организации.

"Это решение нужно лишь тогда, когда имущество передается в собственность. А собор был передан в безвозмездное пользование!", - объяснили в территориальном управлении Росимущества по Ярославской области. Там подтвердили факт передачи собора и заверили, что руководство музея было уведомлено.

С 2004 года в Спасо-Преображенском соборе совершаются богослужения. В.Денисов сообщил корреспонденту "НГ-Религии", что музей не возражает, чтобы они проводились и впредь. Однако одна из сотрудниц музея отметила, что проведение богослужений негативно влияет на состояние отреставрированных икон.

До сих пор, согласно договору, благотворительные пожертвования поровну делились между собором и музеем (в качестве компенсации за то, что музей содержит собор и обеспечивает его охрану). Однако в апреле и в октябре 2007 года доверенные лица протоиерея Александра Шантаева, проводящего богослужения в соборе, изымали содержимое ящика для пожертвований без ведома музейщиков.