1 мая 2011 года было опубликовано открытое письмо игумена Петра (Еремеева) директору Музея Москвы Галине Ведерниковой от 18 апреля. Поводом для обращения послужил отказ руководства музея разрешить провести пасхальное богослужение в храме св. Иоанна Богослова, переданном общине.
Настоятель храма считает официальную причину отказа – неготовность предоставленных музею новых помещений к размещению выставок "неправдой":
"За последнее время здесь на тысячах квадратных метров было реализовано не менее 25 крупных выставочных проектов. Которые, по информации сайта Музея Москвы, посетило более 700 000 человек! Наряду с отремонтированными и оборудованными выставочными площадями в офисных зданиях комплекса Провиантских магазинов также кипит работа.
Деятельность музея в новых зданиях можно только приветствовать. Но ведь эти здания были переданы Вам властями столицы под переезд Музея из храма! Так ли трудно это было сделать? Неужели выставка в храме общей площадью 648 кв.м. (!) не может быть перемещена в новые здания объемом в 22 500 кв.м.? Неужели сложно дирекции музея переехать из 1500 кв.м. церковных строений в предоставленные для этого Правительством Москвы отремонтированные здания, а потом уже создавать здесь новые подразделения музея?"
