Во второй половине мая 2012 года калининградская газета «Тридевятый регион» опубликовала рассказ местного историка Владимира Рыжкова о нарушении Калининградской епархией условий передачи ей кирхи Арнау – памятника архитектуры.

В 2010 году решением областной думы бывшая собственность лютеран была передана православной епархии. Региональный закон о передаче имущества религиозным организациям предусматривает сохранение музейной деятельности. Однако действовавшая в кирхе музейная экспозиция была разобрана тогда же, в 2010 году.

23 апреля 2012 года кирху посетила международная делегация «Клуба друзей Канта» и обнаружила, что рядом с кирхой, в охранной зоне памятника, на территории бывшего кладбища ведется строительство какого-то здания – без предварительного археологического исследования и необходимых разрешительных документов. При этом найденные при строительных работах человеческие останки сложены тут же – в «тазик с костями».

Представитель епархии рассказал членам делегации о реставрационных работах, проведенных епархией в здании кирхи за два года. По оценке В.Рыжкова, их стоимость составляет не более 50 тыс. рублей. Между тем начатое строительство двухэтажного дома (по непроверенной информации, это может быть архиерейская резиденция) обойдется в 10-12 млн.

Автор статьи обратился с открытым письмом к президенту РФ Владимиру Путину. Он просит проверить законность распоряжения Калининградской областной думы о передаче религиозным организациям имущества, ранее не принадлежавшего этим организациям. Если проверка выявит противоречие федеральному законодательству, В.Рыжков просит президента отменить региональное распоряжение. Ранее с аналогичной просьбой он обращался к Калининградской областной думе, Генеральной прокуратуре, Общественной палате, Госдуме и президенту Д.Медведеву. Ответов по существу получено не было.