Лев Пономарев считает, что появление учебника А. Бородиной "Основы православной культуры" вполне естественно в условиях создания новой государственной идеологии, основанной на православии, а именно это в настоящий момент происходит в России. Этот процесс противоречит Конституции и, как считает правозащитник, не приведет ни к чему хорошему ни государство, ни саму Церковь. Л.Пономарев обеспокоен тем, что сейчас в Церкви появилось много людей, названных им "православными большевиками, хотящих получить все и сразу: деньги, одобрение властей".

В качестве основной претензий к учебнику Бородиной, который правозащитник считает "безграмотным, небрежно написанным", Л.Пономарев указывает разжигание межрелигиозной розни. Считая само собой разумеющимся, что книга "Основы православной культуры" отражает позицию Русской Православной Церкви, правозащитник отмечает необоснованность пренебрежительных отзывов о других религиях. Кроме того, замечает Л.Пономарев, "Алла Бородина слишком рьяно и пристрастно отстаивает все позиции Православной Церкви", благодаря чему "учебник для светской школы носит явно апологетический характер". Проникнуты антисемитизмом рассказ о распятии Христа иудеями, как полагает Л.Пономарев, способствует разжиганию межнациональной розни. Фразы "Это понятно, так как этот народ не мог признать Христа истинным Мессией", по мнению правозащитника, "достаточно, чтобы книга была запрещена, так как все выводы автора ложатся на детей, которые воспринимают учебное пособие как истину в последней инстанции".

Сомнения правозащитника вызывает и факультативный характер предмета, поскольку стоит он в штатном расписании и "использует ресурсы государственной школы, что уже спорно само по себе". Кроме того, пример Ногинска, где основы православной культуры преподаются уже давно, демонстрирует нежелание родителей школьников писать заявление на имя директора, чтобы освободить своего ребенка от посещения занятий, опасаясь возможных неприятностей. Более того, рекомендация Министерства культуры воспринимается директорами школ как руководство к действию, и многие из них считают обязательным поставить данный предмет в расписание. Между тем, с религиозным образованием прекрасно справляются православные гимназии и воскресные школы, преподаватели которых еще ни разу не жаловались на наплыв учеников. Л.Пономарев обращает внимание, что и от родителей, желающие обучать детей основам православия, не поступало жалоб на трудности с реализацией такой потребности.

Даже при условии соблюдения принципа добровольности и наличия качественного учебника Л.Пономарев считает невозможным в многоконфессиональном государстве освещать в светской школе точку зрения только одной религии. По его мнению, гораздо разумнее было бы ввести курс "Основы мировых религий" или "Основы гуманизма", поскольку "в конечном итоге все религии учат уважать человеческую личность и помогать людям".

Что касается обвинений в борьбе против Русской Православной Церкви в целом, которые часто звучат в адрес "Движения за права человека", Л.Пономарев считает их беспочвенными, поскольку он сам и его единомышленники "защищают Православную Церковь, борясь с безграмотным учебником".