29 марта 2013 года был опубликован годовой доклад уполномоченного по правам человека в РФ о проблемах соблюдения конституционных прав и свобод человека в России в 2012 году.

В части доклада, посвященной праву на свободу совести, Владимир Лукин выделяет ряд проблем, связанных в первую очередь с нарушением конституционного принципа «отказа от тоталитарной практики директивного насаждения так называемого "единственно верного мировоззрения"». Он подтверждает, что «привлечение к административной ответственности за так называемое "навязывание" своих религиозных взглядов противоречит конституции, гарантирующей право свободно "распространять религиозные и иные убеждения" (ст. 28) и устанавливающей, что права и свободы человека могут быть ограничены только федеральным законом (ст. 55)».

Уполномоченный по правам человека отмечает также многочисленные случаи незаконных действий сотрудников правоохранительных органов (которые врывались в помещения, где проходили богослужения, под предлогом проведения обыска, проверки документов и личного досмотра граждан, фотографировали их и даже осуществляли дактилоскопирование). Жалобы на подобные действия сотрудников полиции поступили к нему из 10 субъектов Российской Федерации.

Следующей большой «системной» проблемой В. Лукин считает «практику проверки канонической религиозной литературы на предмет наличия в ней положений и призывов экстремистского толка». Эта проблема в большей степени касается Свидетелей Иеговы, вынужденных обращаться не только к В. Лукину, но и в Европейский Суд по правам человека (ЕСПЧ «только за последние пять лет принял семь решений не в пользу России»). Кроме случаев признания экстремистской литературы Свидетелей Иеговы уполномоченный указывает на сложности, возникшие у Общества Сознания Кришны (попытки суда запретить «Бхагавад-гиту»).

В. Лукин справедливо отмечает: «Суть проблемы [состоит] в том, что в соответствии со ст. 13 Федерального закона "О противодействии экстремистской деятельности" все дела о признании религиозной литературы экстремистской рассматриваются судами в процедуре особого производства, то есть по представлению органов прокуратуры, в отсутствие второй процессуальной стороны. В рамках такой процедуры религиозные организации фактически лишены возможности защитить в суде свои сакральные ценности, оспорив мнения экспертов со стороны обвинения. По мнению Уполномоченного, в делах о признании религиозной литературы экстремистской изначально имеется правовой конфликт, спор об ограничении прав и свобод граждан и юридических лиц (свободы мысли, религии, совести и убеждений; права на поиск и распространение информации; права на собственность; права на объединение; права на судебную защиту). Между тем в силу положений ст. 12 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации, подобные судебные дела должны рассматриваться в общем исковом порядке, то есть при соблюдении основных принципов судопроизводства: состязательности и равенства сторон». Только при наличие элемента состязательности, результат судебных процессов перестает быть предопределенным.

Третья проблема, которую не обошел своим вниманием В.Лукин, - это трудности, которые испытывают верующие при получении участков для строительства культовых зданий и оформлении необходимой для этого разрешительной документации. С такими сложностями сталкиваются представители католических, старообрядческих, мусульманских и протестантских общин.

«В целом, - сказано в тексте доклада, - тенденция к ограничению деятельности так называемых "нетрадиционных" религиозных организаций, к нарушению их богослужений, к оскорблению чувств их последователей в отчетном году продолжала усиливаться. <…> Проблема же не только в том, что сами критерии "традиционности" религий размыты и произвольны. И не в том, что в числе "нетрадиционных" под прессинг местных властей зачастую попадают вполне традиционные для нашей страны конфессии, например, старообрядчество. Главное в другом: создание режима наибольшего благоприятствования для одних конфессий и наименьшего - для других есть нарушение норм Конституции Российской Федерации, гарантирующей всем и каждому равное право исповедовать любую религию».

 В. Лукин резко отрицательно относится к употреблению в риторической практике органов государственной власти (Ханты-Мансийского автономного округа - Югры, Амурской, Архангельской, Ростовской и Челябинской областей, Республики Башкортостан) обличительных определений, относящихся к "нетрадиционным" конфессиям (определение их как "сектантских", "деструктивных", "тоталитарных" и "псевдохристианских").

«Обличительные определения такого рода не имеют никакого правового содержания, не предусмотрены законом, а значит, недопустимы в публичных выступлениях должностных лиц и в официальных публикациях государственных органов»,  - считает он.

В завершение раздела доклада, посвященного реализации в России свободы совести, В. Лукин обратился к делу «Pussy Riot» и последующему за ним проекту федерального закона об оскорблении чувств верующих. Этот законопроект в его первоначальном виде Уполномоченный «склонен считать противоречащим букве и духу Конституции Российской Федерации, ведь законопроект предполагает ответственность за обиды, нанесенные последователям только тех религий, которые составляют "неотъемлемую часть исторического наследия народов России", в то время как статья 14 и статья 28 нашей Конституции гарантируют равные права всем гражданам, исповедующим любую религию или не исповедующим никакую вообще». Он заявляет, что «попытки противопоставить одни конфессии другим, равно как и верующих неверующим, чреваты не только расколом общества, но и подрывом основ конституционного строя России как светского государства».

«Атеисты тоже имеют убеждения. И такое же право на их защиту государством как представители любой религиозной конфессии, большой или малой. Именно это и составляет суть свободы совести, одного из базовых конституционных принципов демократического российского государства».

В разделе доклада, посвященном праву на свободу информации, затронута, в частности, проблема преследования граждан за критику политических и общественных деятелей и должностных лиц: такая критика зачастую квалифицировалась как экстремистская деятельность. Неопределенность критериев открывает простор для произвольных толкований понятий "социальная группа" или "публичность" как квалифицирующих признаков экстремистской деятельности, а также к абсолютизации роли экспертизы  в делах об экстремизме, говорится в докладе. Уполномоченный вновь выступил против процедуры особого производства в подобных делах и напомнил о Постановлении Пленума Верховного суда РФ от 28 июня 2011 года № 11 "О судебной практике по уголовным делам о преступлениях экстремистской направленности".