20 марта 2012 года стало известно, что руководство школы имени Василия Чатынова села Кош-Агач республики Алтай запретило ученицам посещать уроки в мусульманских платках. Родители трех девятиклассниц обратились за помощью к имаму Кош-Агачского района Сержану Сватову. В результате вмешательства имама была достигнута договоренность о том, что девушки продолжат посещать занятия в платках.
31 августа 2011 года стало известно, что прокуратура Кош-Агачского района Республики Алтай в ходе проверки соблюдения миграционного законодательства выявила факт осуществления иностранными гражданами трудовой деятельности в местной мечети без соответствующего разрешения. Прокуратура возбудила 2 дела об административном правонарушении по т. 18.10 КоАП РФ. По решению суда оба гражданина Казахстана оштрафованы на 2000 рублей с выдворением из России. 2 сентября 2011 года судебные приставы по решению суда на 20 суток приостановили деятельность местной религиозной организации мусульман за нарушение миграционного законодательства.
23 июля 2010 года местная религиозная организация «Свидетелей Иеговы» в Горно-Алтайске подала в Европейский суд по правам человека жалобу на решение Верховного суда Республики Алтай от 27 января 2010 года, подтвердившего решение городского суда Горно-Алтайска о признании экстремистскими ряда материалов «Свидетелей Иеговы».