8 февраля 2007 г. стало известно, что Европейский суд по правам человека в Страсбурге принял к рассмотрению жалобу по делу Рустама Муминова.

К 6 апреля 2007 г. российские власти должны сообщить, было ли необходимым и обоснованным решение о высылке Муминова и учитывалось ли при его принятии, что в Узбекистане он может быть подвергнут пыткам и лишен права на справедливый и независимый суд. Страсбург интересует также, была ли у Муминова возможность воспользоваться эффективной правовой защитой в России.

В настоящее время прокуратура Северо-Восточного административного округа г. Москвы расследует уголовное дело в отношении неустановленных лиц по факту незаконной высылки Муминова.

За 3,5 месяца, прошедшие после передачи его узбекским властям, ни адвокатам, ни правозащитникам, ни уполномоченному по правам человека в РФ не удалось получить сколько-нибудь достоверной информации о его судьбе.

15 марта портал "Интерфакс-религия" сообщил, что в Узбекистане Р. Муминова приговорили к пяти годам и шести месяцам лишения свободы. Он был признан виновным по ст. 159 (посягательство на конституционный строй) и 244 (создание, руководство, участие в религиозных экстремистских, сепаратистских, фундаменталистских или иных запрещенных организациях) УК Узбекистана.