22 мая 2024 года Омский областной суд удовлетворил иск регионального управления Министерства юстиции о ликвидации местного грекокатолического прихода Покрова Пресвятой Богородицы, служитель которого обвиняется по двум статьям УК. Причиной ликвидации послужили некие грубые нарушения федерального законодательства. В марте 2025 года Восьмой кассационный суд общей юрисдикции подтвердил решение о ликвидации прихода.
В конце декабря 2024 года стало известно, что против пастора церкви «Новое Творение» в Омске Станислава Москвитина возбуждено дело по ч. 3 ст. 284.1 УК за сотрудничество с признанной нежелательной организацией «Завет церквей TCCN». Пастору избрана мера пресечения в виде заключения под стражу.
В январе 2024 года против жителя Омска было возбуждено уголовное дело за сотрудничество с движением «Аллатра», чья деятельность на территории России в 2023 году была признана нежелательной. Он был задержан и дал подписку о невыезде.
24 декабря 2018 года Куйбышевский районный суд Омска вынес приговор по делу пастора омской религиозной группы евангельских христиан «Возрождение XXI век» Николая Кузнецова. Суд признал его виновным по ч. 1 ст. 239 и п. б. ч. 3. ст. 111 УК РФ и приговорил условному лишению свободы.