14 августа 2019 года Территориальное управление Росимущества по Воронежской области обратилось в арбитражный суд с требованием изъять из безвозмездного пользования местной религиозной организации «Евангелическо-лютеранский приход Святой Марии Магдалины» здание церкви, которым община пользуется уже больше десяти лет.  

Кирха Марии Магдалины является объектом культурного наследия федерального значения. Здание было передано в пользование лютеранской общины в 2006 году, а с 2015 года оно имеет статус кафедрального собора.

Чиновники решили лишить общину этого здания, поскольку, по нормам федерального законодательства, пользоваться памятниками культуры могут только централизованные религиозные организации, а воронежский приход в 2017 году был выведен из состава Евангелическо-лютеранской церкви Аугсбургского исповедания.

Кроме того, по данным Росимущества, в кирхе проживают посторонние лица, что недопустимо.

Глава общины епископ Анатолий Малахов напомнил, что здание было передано в пользование местной религиозной организации, а не централизованной, в которую община вступила через год после передачи храма. Выход из Евангелическо-лютеранской церкви Аугсбургского исповедания приход до сих пор не оформил юридически.

Упоминание проживания в церкви посторонних он прокомментировал так: «Это не посторонние люди, а священники, паломники. Церковь — это не просто четыре стены». В целом претензии чиновников епископ охарактеризовал как «бред».