В середине декабря 2013 года стало известно, что в Санкт-Петербурге рассматривается дело о ликвидации Центра православного просвещения.

Иск о ликвидации организации городская прокуратура подала еще 16 сентября 2013 года. Прокуратура считает, что Центр занимается незаконной религиозной деятельностью, тогда как в уставе заявлена только просветительская. Как нарушение устава прокуратура расценила тот факт, что в принадлежащих Центру помещениях располагаются приходы Российской православной автономной церкви (РПАЦ).

Глава Центра православного просвещения протоиерей Алексий Лебедев пояснил, что основная деятельность организации – лекционная, а помещения Центр предоставляет разным религиозным организациям.

«Мы раньше предоставляли помещение Русской православной церкви за рубежом, сегодня РПАЦ, завтра можем пастафарианцам, хотя нет, им не можем, они не православные», - сказал он. По словам священника, юридически центр не имеет отношения к РПАЦ.

Ранее местное отделение «Народного собора» обращалось в прокуратуру с просьбой проверить деятельность Центра, обвиняя организацию в мошенничестве. Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Котляров) также жаловался в прокуратуру на деятельность Центра.

16 декабря 2013 года стало известно, что рассмотрение иска перенесено на 20 декабря.