28 февраля 2012 года стало известно, что Духовное управление мусульман Европейской части России (Московский муфтият, ДУМЕР) обратилось в Останкинский районный суд Москвы с иском против Московского муфтията (в составе Центрального духовного управления мусульман).

Истец требует взыскать с ответчика моральный ущерб в размере 1 млн рублей за присвоение «существенной части наименования» - словосочетание «Московский муфтият» присутствует в названии обеих организаций.

Ранее с аналогичным иском ДУМЕР обращалось в Арбитражный суд Москвы, но в ноябре 2011 года производство по делу было прекращено как не подлежащее рассмотрению в арбитражном суде.