Поводом для столкновения стал запрет на проведение шиитских богослужений в месяц Мухаррам (этот месяц считается священным, поскольку именно в это время была совершена хиджра – переселение пророка Мухаммада из Мекки в Медину). 

Администрация мечети направила официальный отказ в адрес азербайджанской общины, в котором говорилось, что «мечеть является площадкой для всех мусульман, независимо от их принадлежности к той или иной общине», однако «для того, чтобы исключить возникновение вопросов и не выставлять на показ разногласия мусульманского общества, Московская соборная мечеть не может предоставлена в качестве площадки для одной из общин». 

Комментируя конфликт пресс-служба Духовного управления мусульман Москвы, сказала, что «в понедельник, с наступлением месяца Мухаррам, в первые дни которого у шиитов принято соблюдать траур и в конце этого периода совершать обряд шахси-вахси (самобичевание), произошел конфликт из-за слишком громкого совершения поклонения, что вызвало недовольство со стороны других прихожан». Последующий за этим отказ, выданный шиитам в тот же день, был связан с тем, что «в стенах мечети не принято столь явно выражать свою принадлежность к тому или иному течению и недопустимо поведение, выходящее за пределы установленного порядка».

Несмотря на запрет, представители азербайджанской - шиитской - общины пришли в мечеть, сотрудники мечети их не пускали и вызвали полицию, а представители другой общины - сунниты - включились в драку.