1 мая 2011 года было опубликовано открытое письмо игумена Петра (Еремеева) директору Музея Москвы Галине Ведерниковой от 18 апреля. Поводом для обращения послужил отказ руководства музея разрешить провести пасхальное богослужение в храме св. Иоанна Богослова, переданном общине. Настоятель храма считает официальную причину отказа – неготовность предоставленных музею новых помещений к размещению выставок "неправдой".
30 апреля 2011 года, по сообщению Credo.ru, перед началом вечерней службы в принадлежащий Российской православной автономной церкви храм св. Царя-мученика Николая и всех Новомучеников Российских на Головинском кладбище в Москве вошли три молодых человека (один – несовершеннолетний) и начали призывать верующих "покаяться в расколе". Пришедшие представились сотрудниками Миссионерского центра имени о. Даниила Сысоева.