22 ноября 2012 года в Новосибирскую мэрию поступило письмо инициативной группы граждан, выступающих против строительства церкви на территории сквера им. Чаплыгина в Заельцовском районе. Текст сопровождался 2128 подписями и был утвержден гражданами на митинге 6 ноября 2012 года. 10 декабря 2012 года представитель этой группы сообщил журналистам, что никакого ответа от правительства города они не получили и встретиться с церковными властями не могут.
18 октября 2012 года в микрорайоне «Аэропорт» Заельцовского района Новосибирска состоялась акция протеста против строительства храма в сквере им. Чаплыгина, на участке, прилегающем к Мочищенскому шоссе. Поводом для акции стало заседание городской комиссии по вопросам земельных отношений и застройки земельных участков, состоявшееся в тот же день. Комиссия в очередной раз «продлила решение вопроса о выборе земельного участка под строительства храма» и объявила о том, «объекты капитального строительства, к которым относятся и культовые сооружения, не требуют общественных слушаний».