В январе 2013 года был опубликован доклад Комиссии США по вопросам международной религиозной свободы, посвященный ситуации в России.
Комиссия обращает внимание на нарушения прав верующих в России, прежде всего, прав представителей религиозных организаций, не входящих в четверку "традиционных". Впрочем, Комиссия подчеркивает, что РПЦ МП обладает исключительными возможностями и в сравнении с тремя другими "традиционными" религиями, поскольку пользуется государственной поддержкой в различных формах, включая финансовую.
Комиссия указывает на многочисленные факты отказа религиозным объединениям в регистрации. На фоне возвращения РПЦ имущества религиозного назначения, у многих групп верующих (мусульман, Свидетелей Иеговы, мормонов, пятидесятников, молокан, а также православных приходов, не находящихся под окормлением Московского патриархата, в том числе, у староверов) возникают проблемы с получением или сохранением за собой молитвенных зданий.Авторы доклада выражают беспокойство в связи с многочисленными насильственными преступлениями в отношении верующих и подчеркивают необходимость повышения эффективности профилактики преступлений ненависти.
Особое внимание докладчики уделяют сложившейся в России практике уголовного преследования верующих, в том числе последователей турецкого богослова Саида Нурси и Свидетелей Иеговы по антиэкстремистским статьям, а также запрета различных религиозных текстов за экстремизм. Комиссия указывает на многочисленные случаи убийств, арестов и похищений салафитов на Северном Кавказе, а также на насильственное искоренение суфийских традиций в Чечне. Как нарушение свободы совести Комиссия расценивает многочисленные аресты мусульман в Татарстане и запрет на ношение хиджабов в школах Ставрополья.
Комиссия обеспокоена принятием в России серии законов, направленных против оппозиции, которая являет собой угрозу демократическим свободам и затронет права всех российских граждан, в том числе, и верующих. Так, новый закон о митингах уже препятствует проведению мусульманских религиозных мероприятий, законы об "иностранных агентах", об измене и о клевете могут лишить преследуемые религиозные группы заступничества со стороны правозащитников и журналистов, закон о контроле над информацией в сети Нарушения прав верующих вследствие принятия новых законов, направленных против оппозиции: закона о митингах, закона об иностранных агентах (правозащитники, протестанты), закон о контроле над информацией в сети дает дополнительные возможности для блокировки материалов религиозных объединений и материалов адептов свободы совести.
Значительные опасения Комиссии связаны с перспективой принятия закона о защите чувств верующих. Авторы доклада приводят мнение членов Общественной палаты, рекомендовавшей снять законопроект с обсуждения, поскольку он оперирует понятиями, не имеющими строгого определения, имеет дискриминационный характер и может привести к этническим конфликтам. О том, что российское законодательство и без того позволяет бороться с "богохульством", свидетельствует, по мнению докладчиков, исход процесса над участницами панк-группы Pussy Riot.
В связи с изложенным в докладе Комиссия США по вопросам международной религиозной свободы рекомендовала США принять следующие меры: убедить российские власти привести правовые нормы, регулирующие религиозную жизнь, в соответствие с международными; провести заседание Российско-американской двусторонней президентской комиссии, посвященное вопросам обеспечения свободы религии и вероисповедания; рекомендовать России внести изменения в законодательство об экстремизме так, чтобы оно касалось исключительно пропаганды и применения насилия и не применялось против мирных религиозных объединений; упразднить механизм запрета литературы за экстремизм или передать его исключительно в ведение Верховного суда; включить Рамзана Каырова в список российских госслужащих, в отношении которых принято решение о запрете въезда в США и аресте активов ввиду их причастности к нарушениям прав человека; включать представителей мусульман и религиозных меньшинств в различные программы по обмену, финансируемые США; организовать специальную программу для российских чиновников для обмена опытом в области предотвращения преступлений ненависти и судебного преследования за такие преступления; выделить средства образовавшиеся в результате приостановки деятельности USAID на территории России, на реализацию других программ по поддержке в России гражданского общества, а также на запуск специального сетевого проекта, посвященного вопросам толерантности и свободы вероисповедания.