21 февраля 2011 года стало известно, что фонд "Здравомыслие" подготовил заявление с требованием возбудить против пресс-секретаря патриарха Московского и всея Руси Кирилла протоиерея Владимира Вигилянского уголовное дело по ст. ст. 129 (клевета) и 282 (возбуждение ненависти либо вражды).

27 января, комментируя пресс-релиз фонда по поводу ответа ФСО на запрос о правомерности предоставления патриарху государственной охраны, о.Владимир назвал членов фонда мошенниками. Кроме того, он сказал, что "атеисты виноваты в миллионах жертв наших сограждан".

Фонд счел эти высказывания направленными на возбуждение ненависти к социальной группе атеистов.

Поскольку фонд не зарегистрирован как юридическое лицо, он не может выступать в качестве истца. Поэтому он подготовил текст заявления и предложил своим сторонникам обращаться в прокуратуру в частном порядке.