29 сентября 2012 года жители Томска приняли участие в митинге против строительства храма на Каштачной горе (ул. К. Ильмера 10/3).

3 октября 2012 года резолюция митинга, подписанная 20 жителями района, была отправлена в администрацию Томска.

Жители требовали «заморозить строительство храма до проведения публичных слушаний», а также «организовать в роще парковую зону, провести ее благоустройство, вернуть данной территории статус рекреационной», а также просили прокуратуру «провести проверку по факту смены функционального зонирования территории особо охраняемой природной березовой рощи, проведенного без учета мнения общественности».

Вопрос о строительстве храма на Каштаке, на месте массовых расстрелов, был поднят в 2003 году. В 2009 году епархиальное управление обратилось к администрации города с просьбой «установить в отношении земельного участка на Каштачной горе территориальную зону, предусматривающую строительство храмового комплекса». В 2010 году территория березовой рощи на Каштачной горе была сокращена с 11 га до 5 га, в частности из ее состава был исключен участок, на котором планируется построить храмовый комплекс, который кроме церкви включит административное здание, гараж и дом причта. Разрешение на строительство церкви на Каштачной горе было выдано Томской епархии в феврале 2011 года. В ноябре 2011 года принято решение разрешить строительство религиозных объектов на территории парковой зоны Р-1.

По мнению экологов, высказанному и зафиксированному документально еще в 2003 году, территория березовой рощи считается умеренно оползневой зоной, где ничего нельзя строить. 

В настоящее время епархия получила разрешение на строительство одного объекта из восьми предполагаемых, строительство начато, в роще спилено 32 дерева.