В январе 2017 года, после того, как 10 января 2017 года губернатор Петербурга Георгий Полтавченко объявил, что вопрос о передаче Исаакиевского собора Русской православной церкви уже решен, в городе начались протесты.
Стала вновь актуальна созданная в июле 2015 года петиция “Требуем остановить передачу Исаакиевского собора в ведение РПЦ”. В настоящее время на платформе Change.org ее подписали 165 тысяч человек. Параллельно подписи собирают и на другой платформе.
11 января представители движения «Весна» водрузили на колоннаде Исаакия баннер «Не РПЦ».
13 января у здания собора прошли одиночные пикеты коммунистов. Они держали плакаты: "Требуем не допустить передачу музея Исаакиевский собор в РПЦ" и "Нет Средневековью!".
В тот же день на сайте Союза музеев России появилось заявление в поддержку музея-памятника «Исаакиевский собор». «Это уникальный музей, - сказано в тексте, - который не только не получает ни копейки из бюджета на текущие расходы, но и все работы по реставрации выполняет за счёт своих доходов». Музейщики обеспокоены не только сохранностью здания и предметов музейного фонда, но и судьбой своих коллег - 400 сотрудников государственного учреждения культуры, которые теряют работу.
На 14 января инициативная группа «Свидетели маятника Фуко» наметила серию одиночных пикетов у здания собора.
28 января 2017 года на Марсовом поле в Петербурге состоялась акция протеста против передачи Исаакиевского собора РПЦ. В акции приняли участие несколько тысяч человек (от 2 до 5 тысяч - по разным оценкам). Многие держали в руках воздушные шары с надписью "Не РПЦ".12 февраля состоялась вторая крупная акция протеста против передачи Исаакиевского собора епархии. В ней приняли участие около 2 тысяч человек, вставшие плотным кольцом вокруг собора.
После митинга несколько человек продолжили протест в здании собора. В ответ на эту незапланированную акцию организаторы митинга опубликовали заявление, в котором просят прекратить акции внутри собора и не дискредитировать «продуманные действия по защите музея случайными пиар-вспышками».
20 февраля 2017 года стало известно, что инициативная группа по проведению референдума о передаче Исаакиевского собора включила в свой проект и вопросы о возможной передаче епархии Петропавловского собора и собора Спаса на Крови.3 марта 2017 года стало известно, что распоряжение комитета имущественных отношений Петербурга, касающееся статуса Исаакиевского собора (Распоряжение № 160-р «Об использовании объекта недвижимости по адресу: Санкт-Петербург, Исаакиевская площадь, 4 а»), было подписано 30 декабря 2016 года. Оно предполагает возможность изъятия собора из оперативного управления музея без предоставления музею новых помещений. Законность этого распоряжения жители города оспаривают в суде.
1 мая 2017 года на Марсовом поле состоялась очередная акция протеста против передачи епархии здания Исаакиевского собора. Участники акции прошли по Невскому проспекту от Лиговского проспекта до Марсова поля, держа в руках белые шары и таблички с надписью «Исаакий - музей» и изображением храма-памятника.
Эксперты — о том, приведет ли передача Исаакиевского собора РПЦ к протестам // The Village. 2017. 12 января.
Нечего терять, кроме Исаакия // Газета. ру. 2017. 21 февраля.