5 июля 2011 года пресс-служба Московской патриархии со ссылкой на «источник в столичном департаменте культуры» сообщила, что Музей Москвы, занимающий здание церкви Иоанна Богослова под Вязом, переданной Церкви в сентябре 2010 года, должен освободить церковные помещения до 1 октября 2011 года.

Напомним, что в течение 2011 года руководство Российского Православного Университета и православная общественность не раз требовали, чтобы музей освободил помещение храма.

Музей будет переведен в помещение Провиантских складов на Зубовском бульваре.