21 мая 2013 года жители Томска организовали несколько одиночных пикетов по пути следования крестного хода в честь Дней славянской письменности и культуры. Несколько человек стояли на проспекте Ленина с плакатами: «Место священника в храме», «Нет пропаганде религии детям», «Власти не место на крестном ходе».
29 сентября 2012 года жители Томска приняли участие в митинге против строительства храма на Каштачной горе (ул. К. Ильмера 10/3). 3 октября 2012 года резолюция митинга, подписанная 20 жителями района, была отправлена в администрацию Томска.
19 декабря 2011 года в Томске в сквере Богоявленского
кафедрального собора был поставлен и освящен поклонный армянский крест
(хачкар). Инициатором установки креста, «памятника русско-армянской дружбы»,
был Союз армян Томской области. Незадолго до установки креста представители нескольких общественных
организаций Томска (движение «Сибиряки»,
Панславянское молодёжное объединение, Конгресс русских общин и «Томские
казаки») направили в прокуратуру заявление с требованием перед установкой
армянского креста провести общественные слушания.
25 августа 2010 года стало известно, что Томский районный суд удовлетворил иск прокуратуры о сносе четырех жилых домов, построенных членами «Общества сознания Кришны» в поселке Кандинка под Томском. Дома должны быть снесены в течение месяца с момента вступления в силу решения суда.